Bolehkah kit penguatan isoterma RNA digunakan untuk mengesan splicing alternatif RNA?

Bolehkah kit penguatan isoterma RNA digunakan untuk mengesan splicing alternatif RNA?

Dalam bidang dinamik biologi molekul, penerokaan splicing alternatif RNA telah muncul sebagai kawasan pengajian yang penting. Splicing alternatif adalah satu proses di mana exon pra -utusan RNA (pra - mRNA) disatukan dalam kombinasi yang berbeza, yang membawa kepada pengeluaran isoforms mRNA pelbagai dari satu gen. Fenomena ini sangat meningkatkan kerumitan protein dan memainkan peranan penting dalam pelbagai proses biologi seperti perkembangan, pembezaan, dan perkembangan penyakit. Sementara itu, kit penguatan isoterma RNA telah menjadi alat yang kuat dalam pengesanan asid nukleik kerana kesederhanaan, kepantasan, dan keupayaan untuk melakukan reaksi pada suhu malar. Sebagai pembekal kit penguatan isoterma RNA, kami sering menerima pertanyaan mengenai sama ada kit kami boleh digunakan dengan berkesan untuk mengesan splicing alternatif RNA.

Pertama, mari kita faham prinsip kerja kit penguatan isoterma RNA. Kit ini direka untuk menguatkan urutan RNA tertentu di bawah keadaan suhu malar, menghapuskan keperluan untuk berbasikal suhu yang diperlukan dalam tindak balas rantai polimerase tradisional (PCR). Terdapat beberapa kaedah penguatan isoterma yang diketahui, seperti penguatan isoterma yang dimediasi (LAMP), urutan berasaskan urutan nukleik (NASBA), dan penguatan polimerase rekombinase (RPA). Sebagai contoh, dalam LAMP, primer direka untuk mengenali enam kawasan yang berbeza pada RNA sasaran, dan polimerase DNA dengan aktiviti anjakan - digunakan untuk mensintesis DNA pada suhu malar sekitar 60 - 65 ° C. Ini mengakibatkan pengumpulan produk yang diperkuatkan yang dapat dikesan dengan pelbagai cara, termasuk pendarfluor dan kekeruhan.

Ketika datang untuk mengesan splicing alternatif, matlamatnya adalah untuk membezakan antara isoforms mRNA yang berbeza yang dihasilkan dari gen yang sama. Kuncinya terletak pada merekabentuk primer yang sesuai yang boleh mensasarkan persimpangan splicing unik setiap isoform. Kit penguatan isoterma RNA boleh, dalam teori, sangat sesuai untuk tugas ini. Kepekaan tinggi kaedah penguatan isoterma membolehkan pengesanan isoforms mRNA yang rendah. Di samping itu, keupayaan untuk melakukan tindak balas pada suhu yang tetap menjadikan teknik ini lebih mudah diakses dan kurang rawan - terdedah berbanding dengan PCR, terutamanya dalam tetapan di mana peralatan berbasikal haba yang canggih tidak tersedia.

Kami menawarkan pelbagai kit penguatan isoterma RNA yang berpotensi digunakan untuk mengesan splicing alternatif. TheMIRA RNA Isothermal Rapid Amplification Kit Asid Nukleik Jaluradalah pilihan yang mudah. Ia menggunakan jalur ujian untuk pengesanan visual produk yang diperkuat, yang sangat berguna untuk pemeriksaan tapak cepat dan on. Kit ini boleh digunakan untuk merekabentuk primer yang mensasarkan persimpangan splicing yang berbeza, dan hasilnya boleh diperolehi dalam masa yang agak singkat. Kaedah pengesanan jalur ujian adalah mudah dan tidak memerlukan peralatan makmal yang kompleks, menjadikannya mudah diakses oleh pengguna yang lebih luas.

Pilihan lain ialahMIRA RNA Isothermal Rapid Amplification Kit Pendarfluor - II. Kit ini menggunakan pengesanan berasaskan pendarfluor, yang memberikan hasil yang lebih kuantitatif dan sensitif. Pewarna pendarfluor dimasukkan ke dalam tindak balas penguatan, dan peningkatan intensiti pendarfluor adalah berkadar dengan jumlah produk yang diperkuatkan. Dengan merancang primer khusus untuk varian splicing yang berbeza, kit ini dapat mengukur secara tepat kelimpahan relatif setiap isoform dalam sampel. Ini amat penting dalam penyelidikan di mana memahami tahap ekspresi isoforms splicing yang berbeza adalah penting, contohnya, dalam mengkaji mekanisme molekul penyakit.

Salah satu cabaran utama dalam menggunakan kit penguatan isoterma RNA untuk mengesan splicing alternatif adalah reka bentuk primer. Oleh kerana peristiwa splicing alternatif boleh berlaku dalam pelbagai corak, persimpangan splicing boleh menjadi agak rumit. Reka bentuk primer perlu mengambil kira bukan sahaja kekhususan urutan persimpangan splicing tetapi juga struktur sekunder RNA sasaran. Reka bentuk primer yang salah boleh menyebabkan penguatan bukan khusus, kereaktifan antara isoforms yang berbeza, atau kegagalan untuk menguatkan isoform sasaran. Untuk mengatasi cabaran ini, alat bioinformatik maju boleh digunakan untuk meramalkan struktur sekunder RNA sasaran dan reka bentuk primer optimum dengan kekhususan yang tinggi.

Sebagai tambahan kepada reka bentuk primer, penyediaan sampel juga penting. Pengekstrakan RNA berkualiti tinggi adalah penting untuk memastikan integriti isoforms mRNA. Cemar dalam sampel RNA, seperti DNA genomik, protein, dan garam, boleh mengganggu tindak balas penguatan. Oleh itu, kaedah pengekstrakan dan pemurnian RNA yang betul harus digunakan sebelum menggunakan kit penguatan isoterma RNA.

Tambahan pula, pengesahan adalah langkah penting. Apabila menggunakan kit penguatan isoterma RNA untuk mengesan splicing alternatif, hasilnya harus disahkan menggunakan teknik lain, seperti pCR kuantitatif PCR (RT - qPCR) atau urutan RNA. RT - qPCR adalah kaedah yang baik untuk mengukur tahap mRNA dan boleh digunakan untuk mengesahkan hasil yang diperoleh dari penguatan isoterma. Penjujukan RNA, sebaliknya, memberikan pandangan yang komprehensif mengenai transkrip, yang membolehkan pengenalpastian peristiwa splicing novel dan pengesahan yang diketahui.

Mari kita pertimbangkan beberapa aplikasi praktikal di mana kit penguatan isoterma RNA untuk mengesan splicing alternatif boleh berguna. Dalam penyelidikan kanser, splicing alternatif sering diselaraskan, dan isoform splicing spesifik boleh berfungsi sebagai biomarker untuk diagnosis kanser, prognosis, dan tindak balas rawatan. Sebagai contoh, dalam beberapa jenis kanser payudara, varian splicing tertentu gen utama dikaitkan dengan prognosis yang lemah. Dengan menggunakan kit penguatan isoterma MIRA RNA kami, para penyelidik dapat dengan cepat dan tepat mengesan varian splicing ini dalam sampel tumor, yang berpotensi membawa kepada strategi rawatan yang lebih diperibadikan.

Dalam biologi pembangunan, splicing alternatif memainkan peranan penting dalam pembezaan sel dan pembangunan tisu. Mengesan perubahan dalam corak splicing semasa pembangunan dapat memberikan gambaran tentang mekanisme molekul yang mendasari proses ini. Kit penguatan isoterma RNA boleh digunakan untuk memantau ekspresi isoforms splicing yang berbeza dalam pelbagai peringkat perkembangan atau jenis sel, memudahkan pemahaman peraturan temporal dan spatial ekspresi gen.

Sebagai pembekal, kami menawarkan sokongan teknikal yang komprehensif untuk menggunakan kit penguatan isoterma RNA kami dalam konteks mengesan splicing alternatif. Pasukan teknikal kami boleh membantu dengan reka bentuk primer, pengoptimuman keadaan tindak balas, dan penyelesaian masalah. Kami juga menyediakan bahan latihan dan webinar untuk membantu pengguna memahami dengan lebih baik operasi kit kami.

Ringkasnya, kit penguatan isoterma RNA mempunyai potensi besar untuk mengesan splicing alternatif RNA. Kesederhanaan, kepantasan, dan kepekaan mereka menjadikan mereka alat yang berharga dalam kajian peristiwa splicing. TheMira DNA Isothermal Rapid Amplification Kit Pendarfluor,MIRA RNA Isothermal Rapid Amplification Kit Asid Nukleik Jalur, danMIRA RNA Isothermal Rapid Amplification Kit Pendarfluor - IIMenawarkan pilihan pengesanan yang berbeza untuk memenuhi pelbagai keperluan penyelidikan.

Jika anda berminat menggunakan kit penguatan isoterma RNA kami untuk mengesan splicing alternatif dalam penyelidikan anda, kami menjemput anda untuk menghubungi kami untuk maklumat lanjut dan membincangkan keperluan khusus anda. Pasukan kami didedikasikan untuk menyediakan anda dengan produk berkualiti tinggi dan perkhidmatan yang sangat baik untuk menyokong usaha saintifik anda.

Rujukan:

1. Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, et al. Gelung - Penguatan isoterma DNA yang ditengahi. Asid nukleik Res. 2000; 28 (12): E63.
2. Compton J. urutan asid nukleik - Penguatan berasaskan. Alam. 1991; 350 (6313): 91 - 92.
3. Piepenburg O, Williams CH, Stemple DL, Armes NA. Pengesanan DNA menggunakan protein rekombinasi. Plos Biol. 2006; 4 (7): E204.
4. Wang ET, Sandberg R, Luo S, et al. Peraturan isoform alternatif dalam transkrip tisu manusia. Alam. 2008; 456 (7221): 470 - 476.